La cuarta temporada consta de 24 episodios y se estrenó el 1 de septiembre del 2008 con un especial de 2 horas. Fue filmada en Los Ángeles. El primero de los 24 episodios de esta cuarta temporada fue titulado "Scylla".12 Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a La Compañía. El grupo está configurado por Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Sara Tancredi, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, a excepción de Sara, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.
Episodios (24)
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Episodio 1
0 Scylla, el libro negro -
Episodio 2
0 La incursión -
Episodio 3
0 Operación cancelada -
Episodio 4
0 Águilas y ángeles -
Episodio 5
0 Sano y salvo -
Episodio 6
0 Contratiempo -
Episodio 7
0 La quinta tarjeta -
Episodio 8
0 El precio a pagar -
Episodio 9
0 Triunfo amargo -
Episodio 10
0 La leyenda -
Episodio 11
0 Silencio total -
Episodio 12
0 Esperanza -
Episodio 13
0 Acuerdos -
Episodio 14
0 Solo negocios -
Episodio 15
0 La despedida -
Episodio 16
0 El estado del sol -
Episodio 17
0 Mina de oro -
Episodio 18
0 VS -
Episodio 19
0 H.D.P. -
Episodio 20
0 Vaqueros e indios -
Episodio 21
0 Tarifas de intercambio -
Episodio 22
0 Asesinando tu número -
Episodio 23
0 Episode 23 -
Episodio 24
0 Episode 24