La segunda temporada consta de 22 episodios y es continuación directa del final de la primera temporada. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI, Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.
Episodios (22)
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Episodio 1
0 Caceria Humana -
Episodio 2
0 Otis -
Episodio 3
0 Scan -
Episodio 4
0 El primero en caer -
Episodio 5
0 Mapa 1213 -
Episodio 6
0 Subdivisión -
Episodio 7
0 Enterrados -
Episodio 8
0 La trampa -
Episodio 9
0 Desenterrando el pasado -
Episodio 10
0 El encuentro -
Episodio 11
0 Bolshoi Booze -
Episodio 12
0 Separados -
Episodio 13
0 La caja mortal -
Episodio 14
0 El desconocido -
Episodio 15
0 El mensaje -
Episodio 16
0 Chicago -
Episodio 17
0 Mala sangre -
Episodio 18
0 La cinta -
Episodio 19
0 Dulce Caroline -
Episodio 20
0 Panamá -
Episodio 21
0 Fin del camino -
Episodio 22
0 Sona