El equipo tuvo éxito en usar el retro-virus para convertir a toda la tripulación de la Colmena en humanos, y los llevan a un planeta sin Stargate convenciéndolos que están enfermos, pero los Wraiths comienzan a sospechar de la historia que el equipo les ha dicho. Mientras tanto, Richard Woolsey llega a Atlantis a ver si la Dr. Weir está capacitada para continuar como líder de la expedición.
La primera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 16 de julio de 2004 y finalizó el 31 de enero de 2005 con un total de 20 episodios.
La segunda temporada de Stargate Atlantis comenzó el 15 de julio de 2005 y finalizó el 30 de enero de 2006 con un total de 20 episodios.
La tercera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 14 de julio de 2006 y finalizó el 5 de febrero de 2007 con un total de 20 episodios.
La cuarta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 28 de septiembre de 2007 y finalizó el 7 de marzo de 2008 con un total de 20 episodios.
La quinta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 11 de julio de 2008 y finalizó el 9 de enero de 2009 con un total de 20 episodios.
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