El equipo es emboscado por Ford y sus nuevos amigos y llevados a su base en otro planeta donde descubren que todo el grupo usa la enzima de los Wraiths. Ford fuerza al equipo, con excepción de Sheppard, a tomarla para así acompañarlos a destruir una nave Colmena, y así Atlantis admita el poder de la enzima.
La primera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 16 de julio de 2004 y finalizó el 31 de enero de 2005 con un total de 20 episodios.
La segunda temporada de Stargate Atlantis comenzó el 15 de julio de 2005 y finalizó el 30 de enero de 2006 con un total de 20 episodios.
La tercera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 14 de julio de 2006 y finalizó el 5 de febrero de 2007 con un total de 20 episodios.
La cuarta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 28 de septiembre de 2007 y finalizó el 7 de marzo de 2008 con un total de 20 episodios.
La quinta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 11 de julio de 2008 y finalizó el 9 de enero de 2009 con un total de 20 episodios.
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