La tercera temporada de Smallville comienza el 1 de octubre de 2003 y termina el 19 de mayo de 2004. Consta de 22 episodios. Clark continúa en Metrópolis con el anillo de Kriptonita Roja, cometiendo crímenes y maldades. Jonathan obtiene poderes similares a los de Clark con la ayuda de Jor-El, y lo devuelve a Smallville, mientras que Lex estuvo exiliado en una isla desierta luego de explotar el jet en su viaje de luna de miel; luego es rescatado. Durante esta temporada, vemos momentos de tensión entre Clark y Lana, ya que ella le considera una persona muy complicada. Pete se encuentra en controversia por la responsabilidad de guardar el secreto de su amigo y Chloe se siente presionada por Lionel por no revelarle situaciones inusuales acerca de Clark. Después de cuestiones complicadas, como la aparición de otros afectados por la kriptonita y de un misterioso hombre llamado Adam Knight, Lana, cansada de los secretos de Clark, decide irse a París, Francia.
Episodios (22)
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Episodio 1
0 Exilio -
Episodio 2
0 El Ave Fénix -
Episodio 3
0 Exterminador -
Episodio 4
0 Sopor -
Episodio 5
0 Perry -
Episodio 6
0 Reliquia -
Episodio 7
0 Magnético -
Episodio 8
0 Destrozado -
Episodio 9
0 Asilo -
Episodio 10
0 Susurros -
Episodio 11
0 Persecución -
Episodio 12
0 A continuación -
Episodio 13
0 Velocidad -
Episodio 14
0 Obsesión -
Episodio 15
0 Resurrección -
Episodio 16
0 Crisis -
Episodio 17
0 Legado -
Episodio 18
0 Verdad -
Episodio 19
0 Memoria -
Episodio 20
0 Talismán -
Episodio 21
0 Abandonado -
Episodio 22
0 El pacto