La segunda temporada comenzó a emitirse el 30 de septiembre de 1990 y se emitieron un total de 22 episodios de forma discontinua. La cadena ABC obligó a Lynch y Frost a desvelar quién era el asesino de Laura Palmer al poco de comenzar esta segunda temporada. Este hecho que tiene lugar en el capítulo 14 dirigido magistralmente por Lynch y que cierra cierta parte de la trama en el 16 supuso el comienzo de un progresivo declive argumental. Inicialmente pensaron en desarrollar la historia de amor entre Cooper y Audrey, pero como Kyle MacLachlan era pareja sentimental en la vida real de Lara Flynn Boyle (Donna en la serie), ésta puso bastantes impedimentos a esta nueva trama, por lo cual los productores optaron por desarrollar el personaje de Windom Earl, antiguo compañero desaparecido y ahora enemigo de Cooper. Como David Lynch se encontraba promocionando Corazón salvaje y Mark Frost trabajando en El Peso de la Corrupción, la serie fue abandonada durante una decena de episodios (más concretamente entre el 17 y el 23) a guionistas y directores de encargo que, a pesar de tratar de mantener el espíritu inicial, incluyeron argumentos paralelos de menos peso, nuevas estrellas en el casting y una mayor comicidad en los guiones, que no fueron del agrado de los fans y la serie comenzó un imparable declive y un desinterés cada vez mayor por parte de sus seguidores. A comienzos de Febrero de 1991 la cadena ABC anunció el cese indefinido de la emisión de la serie. Los innumerables seguidores de Twin Peaks reclamaron a la cadena su continuación con constantes protestas y lograron que Frost y Lynch regresasen al proyecto y al horario semanal inicial de la serie a mediados de Marzo de 1991. A pesar de que los últimos 6 capítulos (del 24 al 29) mejoraron el nivel de los anteriores (incluyendo nuevas intrigas, un implacable malvado y una relación sentimental entre Cooper y un personaje nuevo, Annie) la serie fue finalmente cancelada casi un mes después debido a la escasa recepción y el declive progresivo de audiencia.