La segunda temporada continua seis meses después de lo sucedido en el final de la primera temporada. Aaron no pudo detener los misiles en La Torre a tiempo y Atlanta y Filadelfia fueron destruidos, ahora todos los protagonistas se encuentran en diferentes situaciones: Miles, Aaron y Rachel ahora viven en un pueblo con el padre de Rachel, Gene Porter; Charlie esta en busca de Monroe, aunque no es la única ya que también lo están buscando unos caza recompensas que son enviados por gente misteriosa; Neville y Jason buscaron a Julia pero todo indica que ella murió en la explosión. Con el regreso del gobierno de América todos se enfrentan a una nueva a amenaza incluso peor que Monroe, Los patriotas. Los patriotas intentan gobernar y regresar america a como era antes. Mientras Charlie, Aaron, Rachel y Miles tienen aventuras y desventuras peleando contra los patriotas, Monroe se une a estos en contra de los patriotas. Además, Monroe intenta encontrar a su hijo con ayuda de Miles, pero las cosas no salen tan bien. Aaron al mismo tiempo conoce y se enamora de a una chica, Cynthia y poco a poco, tras misteriosos eventos, descubre que la nanotecnología sirve a Aaron desde que seis meses antes los liberara en la torre negra. Por otro lado, Neville y Jason se enlistan con los patriotas pretendiendo acabar con ellos desde adentro, pero pronto descubren que Julia está viva y ahora esta casada con un hombre de alto mando, juntos intentan derrocar a los patriotas.