La historia de esta entrega animada comienza cuando, un día del año 2002, muchos niños de Tokio y alrededores reciben un mensaje en sus móviles que les cita a las 6 p.m. en el intercambiador de Shibuya. Entre ellos se encuentra Takuya Kanbara, que recibe el mensaje y decide por impulso acudir a la llamada. Durante el viaje en tren se topa con Koji Minamoto y cuando llegan a Shibuya se montan en un ascensor que les transporta a una estación inexistente en el subsuelo de Shibuya. Allí suben a unos extraños trenes (para más tarde descubrir que se trata de Trailmons, unos trenes especiales que circulan por todo el Mundo Digital) y en uno de ellos Takuya conoce a JP, Zoe y Tommy (este último estaba en el tren en contra de su voluntad), con los que forma un primer grupo. Al llegar al Digimundo llegan a la Estación de la Llama, en la Aldea del Fuego y se encuentran con un par de digimons llamados Bokomon y Neemon, quienes les guiarán por el digimundo para derrotar a Kerpymon. Recibirán la ayuda de los Guerreros Legendarios quienes intentan salvar el digimundo. Al llegar, sus móviles se transforman en digivices (D-Tectors) que tienen la cualidad de albergar los Espíritus Digitales, capaces de transformar a los niños en Digimons. Esos espíritus digitales otorgan al usuario la capacidad de transformarse en uno de los diez guerreros legendarios, que antaño salvaron al mundo digital de una gran catástrofe provocada por Lucemon, un ángel que terminó con la guerra entre digimons pero fue corrompido por el poder; vencido por los 10 Guerreros Legendarios; y encerrado en lo más profundo del Mundo Digital (el Área Oscura).